影響しません。
つまり、減額されることはありません。

夫が住宅ローンを支払えば、その分、住宅ローンの残高が減ります。

これにより、家の実質的な価値（家の価値－住宅ローンの残高）が増えます。

そうすると、夫は形式的にはお金を出しているものの、実質的には自分の住む家の価値として手元に残しているものと見ることができます。

このような理屈で、婚姻費用の算定にあたって、住宅ローンの支払は考慮されないのです。

もっとも、離婚の際の財産分与では、別居後の住宅ローンの支払分は夫婦の協力関係に基づくものではありませんから、家についての夫の取り分が妻よりも多いものと判断されることになります。